Năm 1536, Vương hậu Anne Boleyn bị thất sủng rồi bị xử chém. Công chúa Elizabeth, giống Mary, trở thành Lady Elizabeth và bị tước quyền kế vị.[33] Chỉ hai tuần sau khi hành quyết Anne, Henry kết hôn với Jane Seymour. Vương hậu Jane Seymour nài xin chồng giải hòa với Mary.[34] Henry nhấn mạnh rằng Mary phải nhìn nhận ông là người đứng đầu Giáo hội Anh, bác bỏ thẩm quyền Giáo hoàng, công nhận hôn nhân của ông với mẹ bà là không hợp lệ, và chấp nhận mình là con bất hợp pháp. Mary cố giải hòa với cha bằng cách thuận phục thẩm quyền của ông đến mức "Chúa và lương tâm" cho phép, nhưng dần dà Mary chịu ký một văn kiện thỏa thuận với những đòi hỏi của Henry.[35] Mary được phục hồi địa vị trong triều.[36] Henry ban cho bà gia nhân và người tùy tùng.[37] Tòa nhà Hatfield, Cung Beaulie, Richmond và Hunsdon là những nơi ở chính của Mary, cùng các cung điện của Henry ở Greenwich như Westminster và Hampton Court.[38] Bà có quỹ riêng để chi trả cho các loại trang phục đắt tiền cũng như giải trí bằng cách chơi bài, là thú vui bà ưa thích.[39] Cuộc nổi dậy ở phía bắc nước Anh, gọi là Pilgrimage of Grace, có sự tham gia của Lord Hussey, từng là quan thị thần cho Mary, bị trấn áp dữ dội.[40] Hussey, cùng những người khác, bị xử tử, nhưng không có chứng cứ Mary dính líu đến vụ việc.[41] Năm sau, 1537, Jane từ trần sau khi sinh Vương tử Edward. Mary được chọn làm mẹ đỡ đầu cho em trai cùng cha khác mẹ của mình, và là người than khóc chính trong tang lễ của Vương hậu.[42]

Cuối năm 1539, Công tước Philip xứ Bavaria muốn tìm hiểu bà, nhưng Philip là tín hữu Lutheran nên việc không thành.[43] Tể tướng của nhà vua, Thomas Cromwell, thương thuyết với đồng minh tiềm năng, Công tước Cleves, và muốn sắp xếp hôn nhân giữa Mary với Cleves, người cùng tuổi với Mary, nhưng lại không thành. Rốt cuộc, Henry đồng ý cưới Anne, chị gái của Công tước Cleves.[44] Tháng 12, 1539, sau lần gặp mặt đầu tiên, Henry không thích cô dâu nhưng không thể từ hôn vì lý do ngoại giao.[45] Song, Cromwell bị thất sủng, bị bắt giữ vì tội phản quốc, và một tội danh vô lý khác: ông mưu tính kết hôn với Mary.[46] Anne vội vàng đồng ý hủy hôn, tuyên bố cuộc hôn nhân là chưa hoàn chỉnh, còn Cromwell bị chém đầu.[47]

Năm 1541, Henry xử tội chết Nữ Công tước Salisbury, từng là mẹ đỡ đầu và quản gia cho Mary, do một âm mưu của người Công giáo mà con trai của bà, Reginald Pole, có liên can.[48] Năm 1542, sau khi hành quyết người vợ thứ năm của mình, Catherine Howard, Henry, đang sống đơn thân, cho mời Mary đến dự lễ Giáng sinh.[49] Mary xuất hiện với cha trong các sự kiện trong triều với tư cách người phụ nữ chủ nhà.[50] Năm 1543, Henry kết hôn với người vợ thứ sáu, Catherine Parr, người đã giúp hàn gắn gia đình chồng.[51] Qua Đạo luật Kế vị 1544, Henry phục hồi quyền kế vị cho hai người con gái, Mary và Elizabeth, kế tiếp Edward, mặc dù họ vẫn bị xem là con ngoại hôn.[52]

Năm 1547, Henry băng hà và Edward lên ngôi. Mary thừa hưởng các lãnh địa ở Norfolk, Sufolk, và Essex, còn được ban tặng tòa nhà Hunsdon và Cung Beaulieu.[53] Edward và Hội đồng Nhiếp chính tiến hành các cải cách tôn giáo trên toàn quốc theo khuynh hướng Kháng Cách qua Đạo luật Đồng nhất năm 1549, áp dụng nghi thức Tin Lành trong các thánh lễ và sử dụng Sách Cầu nguyện chung của Thomas Cranmer. Mary vẫn kiên định với niềm tin Công giáo và cho cử hành lễ misa trong nguyện đường của bà. Bà cũng kêu gọi người anh họ, Charles V, sử dụng các biện pháp ngoại giao để bà có thể tiếp tục hành đạo theo niềm tin của bà.[54]

Trong thời trị vì của Edward, Mary ít khi xuất hiện tại triều đình.[55] Giữa tháng 5 và 7, 1550, có một kế hoạch nhằm giúp Mary đào thoát khỏi nước Anh để đến một nơi an toàn trong lục địa châu Âu nhưng bất thành.[56] Giáng sinh năm 1550, Mary họp mặt với Elizabeth và Edward, nhà vua công khai quở trách Mary vì xem thường các chuẩn tắc tôn giáo.[57] Mary kiên quyết bác bỏ yêu cầu của Edward muốn bà từ bỏ Công giáo, trong khi Edward tiếp tục kiên trì với đòi hỏi của mình.[58]